La tracciabilità del prosciutto Crudo di Cuneo D.O.P. è garantita dai marchi a fuoco o a inchiostro indelebile apposti da ogni componente della filiera: in qualsiasi momento è possibile risalire tutti i passaggi della catena produttiva e identificare l’autore della fase produttiva. Tutti i passaggi sono verificati e controllati dagli Enti terzi incaricati dal MIPAAF. Un attento esame rivelerà quindi tutto il percorso di ogni singola coscia:
Uno speciale tatuaggio indelebile è posto dall'allevatore su entrambe le cosce del suino, con il proprio codice di identificazione, la sigla della Provincia e il mese di nascita dell'animale.
Il macello appone poi un timbro a fuoco, PP e l'identificativo dello stabilimento di macellazione.
Giorno, mese e anno d'inizio della stagionatura sono riportati con timbro a fuoco sulla cotena del prosciutto. La data di entrata in salagione costituisce anche il n. di lotto di lavorazione.
Al termine di questo lungo processo produttivo, dopo un attento esame di verifica della conformità di ogni lavorazione, l'Ente Terzo imprime il marchio a fuoco sui due lati maggiori della coscia e su ogni trancio nel caso di porzionatura. La marchiatura è realizzata direttamente dall’Ente terzo INOQ incaricato dal Ministero delle Politiche agricole e agroalimentari. Il marchio simboleggia tre importanti elementi dell’area di produzione: la forma a punta delle montagne che circondano la zona di produzione, la città capitale che ha pianta topografica a forma di "cuneo" e la forma stilizzata del prosciutto Crudo di Cuneo D.O.P.. Il prosciutto Crudo di Cuneo D.O.P. per essere autentico deve riportare sulla cotenna il marchio a fuoco ben visibile.